Luonnontieteellinen museo on peräisin kuningas Ludvig XIII:n vuonna 1635 perustamasta lääkekasvien puutarhasta. Alun perin puhtaasti lääketieteellinen puutarha muuttui vuonna 1718 kuninkaan puutarhaksi ja keskittyi luonnontieteeseen, yleisön opastamiseen, kokoelmiin ja tieteelliseen tutkimukseen. Ranskan vallankumouksen aikana museo laajensi kokoelmiaan ja jatkoi kukoistustaan 1800-luvulla.

Nykyään luonnontieteellinen museo keskittyy sekä tutkimukseen että tiedon jakamiseen yleisölle. Pariisissa on kolme osastoa, jotka on omistettu yleisölle: Jardin des Plantesin galleriat, kasvitieteelliset puistot ja eläintarhat sekä Ihmisen museo (Musée de l'Homme).